본 사업은 주관부처인 질병관리청이 중심이 되어 7개의 부처(질병관리청, 과학기술정보통신부, 농림축산식품부, 환경부, 해양수산부, 식품의약품안전처, 농촌진흥청)가 참여하고 있으며, 연구대상 및 목적에 따라 참여부처가 함께 운영하는 통합관리체계와 각 부처가 독립적으로 운영하는 개별관리체계로 구성되어 있다.
사업운영 및 관리를 위한 다부처 공동대응사업 운영관리규정을 제정(‘20.9.)하여, 운영관리규정에 따라 사업 관련 최고 의사결정기구인 운영위원회를 두고 사업 운영과 관련된 세부 사항(연구과제 기획, 세부 추진계획 수립 및 협의, 성과 공유 등)을 조정하는 실무자협의회를 구성하여, 참여부처 내 담당부서의 R&D 실무를 담당하는 공무원(연구관 및 연구사)이 직접 실무 및 조정을 수행한다. 또한, 7개의 부처에서 추천받은 외부전문가로 구성된 자문위원회를 운영하여 전문가의 의견 및 정보를 구하고 논의하는 자리를 마련하고 있다.

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  질병관리청 국립보건연구원새창열기

  사업의 주관부서로서 다부처 사업 운영을 위한 네트워크 구축, 공동협력 연구과제 기획, One Health 항생제 내성균 웹 포털시스템 구축 및 기능 개선, 과제 결과 통합분석 등 사업 전반을 총괄하고 있으며, 사람-동물-환경-식품에서의 항생제 내성균 분포 조사 및 유전학적 연관성 비교, 항생제 내성균 감시체계 구축, 항생제 사용 실태 및 전파양상 분석 등의 연구를 수행한다.
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  과학기술정보통신부새창열기

  사람-동물-환경 유래 항생제 내성균에 대한 오믹스 분석, 분자미생물학적 기법 등을 활용한 항생제 내성, 다제내성 기전 및 내성 관련 네트워크 규명 등 진단법 개발, 내성 기전 규명 및 제어기술 연구를 수행한다.
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  농림축산식품부 농림축산검역본부새창열기

  가축 및 반려동물의 내성 저감화를 통한 사람 및 환경에 대한 위해를 최소화하기 위해 항생제 적정 사용 모델 개발 및 항생제 오남용 방지, 동물 질병 치료 및 예방용 항생제 대체물질 개발 연구를 수행한다.
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  환경부 국립환경과학원새창열기

  환경 분야 항생제 내성균 감시체계 구축 및 모니터링, 수처리 공정 중에서의 항생제 내성인자 분석 및 관리 등 물환경 중항생제 내성균 시험법 개발 및 환경 적용성 연구를 수행한다.
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  해양수산부 국립수산과학원새창열기

  수산 동물 병원성 세균에 대한 수산용 항생제 내성 모니터링 및 항생제 내성 유전자 탐색의 수산 동물 질병 항생제 내성특성 연구, 수산분야 항생제 저감 연구 등 수산분야에서의 항생제 내성 연구를 수행한다.
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  식품의약품안전처 식품의약품안전평가원새창열기

  유통식품 분야의 항생제 내성 인자 및 독성 인자 등에 대한 제어 기작 규명 및 모델 식품을 통한 제어기술 효과 검증 등을 통한 유통식품에서의 항생제 내성 유발 최소화를 위한 위해 세균 제어기술 개발 연구를 수행한다.
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  농촌진흥청 국립농업과학원새창열기

  농업환경 및 농산물에서의 항생제 내성균 감시 모니터링 체계구축을 통한 항생제 내성 위험평가체계 구축을 위한 연구를 수행한다.