기획조정관

• 기획재정담당관
• 행정법무담당관
• 국제협력담당관
• 정보통계담당관

운영지원과

감염병정책국

• 감염병정책총괄과
• 감염병관리과
• 인수공통감염병관리과
• 결핵정책과
• 에이즈관리과

감염병위기대응국

• 위기대응총괄과
• 검역정책과
• 의료대응지원과
• 비축물자관리과
• 신종감염병대응과

감염병진단분석국

• 감염병진단관리총괄과
• 세균분석과
• 바이러스분석과
• 매개체분석과
• 고위험병원체분석과
• 신종병원체분석과

의료안전예방국

• 예방접종관리과
• 의료감염관리과
• 항생제내성관리과
• 백신수급과
• 의료방사선과
• 생물안전평가과

만성질환관리국

• 만성질환관리과
• 만성질환예방과
• 희귀질환관리과
• 건강영양조사분석과