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한국인참조유전체구축사업
- Date2019-05-15
- Update2021-10-13
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한국인참조유전체소개
개요
한국인 참조유전체(Korean Referenece Genome) 연구는 한국인의 유전체에 존재하는 유전변이 정보들을 수집하고, 데이터베이스화시킴으로써 국내 유전체 맞춤의학 연구를 위한 기반 마련을 목표로 한다.
추진 일정 및 내용

추진일정 | 2012 | 2013 | 2014 | 2015 | 2016 | 2017 | 2018 | 2019 |
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전유전체 서열자료 생산 | 누적 400명 | 누적 1500명 | 누적 1700명 | |||||
통합변이 데이터베이스 구축 | 서열변이 데이터베이스 구축 및 갱신 | |||||||
정보분양 | 연구활성화를 위한 정보 분석 지원 및 분양 |
1단계: 한국인 참조유전체 자료 생산
차세대 염기서열결정법을 이용하여 한국인 전장유전체 자료 생산 및 생산된 서열자료를 바탕으로 한국인 특이적인 서열변이에 대한 자료 구축
[※‘14년 누적 1500여명, HiSeq2000(장비), 샘플당 평균 30X(depth)]
- 기 구축한 유전체-역학 코호트의 시료를 이용하여 한국인 전장 유전체 서열 결정
- 한국인 특이적인 서열변이(단일염기다형성, 구조 변이)에 대한 자료 생산
2단계: 표준자료 가공
생산된 자료를 바탕으로 한국인 고유의 유전체 서열변이에 대한 지도 작성 (유전자형 빈도수 및 linkage disequilibrium map)
[※‘14년 400여명 통합분석완료]
참조유전체 데이터베이스 구축 및 제공
유전체역학 자료를 바탕으로 질환특이적인 유전체 서열변이 데이터베이스 구축 및 자료 제공
- 생산된 서열자료를 바탕으로 한국인 특이적인 서열변이 자료를 정리하여 데이터베이스로 제공
- 각 서열변이 부위에 대한 질병군과 정상군의 서열변이 빈도수에 대한 정보 제공
한국인 참조유전체 데이터베이스 시스템 구성도

- System Inputs - chrom, Position, Tracks, Gene, rsID
- Range Queries, TOMCAT, Java Sever Pages
- Genome Browser
- KRG data - Common Variant, Rare Variant, Disease Risk, Alternative Allele Difference
- Annotations - Ensembl, RefGene, AnnoVar, Clin Var, Exonic Variant, GWAS Catalog, Chromatin State Sagmentation
- Visualization Module - JAVA 2D Graphic, JAVA Beans, JSP
- BinIndex Builder - BinIndex Filter, BinIdex SQL Query builder
- DB Wrapper - JDBC, DB connection pool
- MySQL Database - Bin Index System
KRG Variants
- KRG Dependant
- AFD, 1000 Genomes ↔ AFD HAPMAP3
- Disease Risk ↔ Allele Frequency
- KRG Variants
- dbSNP clinvar ↔ refGene Ensembl
- GWAS Catalog ↔ Annotation Else...
- KRG Dependant